Femoral Hemodiyaliz Kateteri ile İlişkili Globicatella sanguinis Bakteremisi: Tür Düzeyinde Tanımlamada Karşılaşılan Sorunlar

Abstract

Öz:Bu olguda diyabetik nefropati tanısıyla kronik hemodiyaliz programına alınan 43 yaşında kadın hastada saptanan Globicatella sanguinis'e bağlı kateterle ilişkili bakteremi olgusu sunulmuştur. Fırsatçı ve nadir bir patojen olan Globicatella cinsinin laboratuvar tanısında kullanılan yöntemler irdelenmiştir. Mayıs 2016 tarihinde hastanın bir set periferik kan kültürü ve eş zamanlı olarak kateter kültürü alınmıştır. Üreyen bakterinin tanımlanması için biyokimyasal testler, Phoenix (BectonDickinson, ABD) ve MicroScan (BeckmanCoulter, ABD) otomatik identifikasyon sistemleri, matriks aracılı lazer desorpsiyon/iyonizasyonuçuş zamanlı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) temelli Microflex MS (Bruker, Daltonics, Almanya) ve VITEK MS (database v2.0) (bioMérieux, Fransa) sistemleri kullanılmıştır. Etkene özgül p8FPL 5'-AGT TTG ATC ATG GCT CAG-3' ve p806R 5'-GGA CTA CCA GGG TAT CTA AT-3' primerleriyle kısmi 16S rDNA dizi analizi yapılmıştır. Vankomisin, eritromisin, imipenem, sefotaksim ve benzipenisilin için minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) agar gradient yöntemiyle belirlenmiştir. Hastanın kan ve kateter kültürlerinde aynı koloni üremesi tespit edilmiştir. Kanlı besiyerlerinde bir gecelik inkübasyon sonrası gözlenen alfa-hemolitik, katalaz-negatif koloniler, Gram boyama ile gram-pozitif zincir yapan koklar şeklinde görülmüştür. İzolat, Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesinde; Bruker MS sistemi ile G.sulfidifaciens (skor değeri > 2), Phoenix otomatik identifikasyon sistemi ile G.sanguinis olarak tanımlanmıştır. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesinde; Microscan otomatize sistemiyle tanımlama yapılamamış, VITEK MS ile izolat %99.9 G.sanguinis ve %98.3 G.sulfidifaciens olarak isimlendirilmiştir. 16S rDNA dizi analiziyle izolat %100 Globicatella sanguinis (GenBank accessionno. KJ680157.1) olarak tanımlanmıştır. MİK değerleri vankomisin için 0.38 µg/ml, eritromisin için 1.5 µg/ml, imipenem için 0.38 µg/ml, sefotaksim için > 32 µg/ml ve benzipenisilin için 64 µg/ml olarak belirlenmiştir. Hastada katetere bağlı kan dolaşımı enfeksiyonu olarak düşünüldüğü için, tedaviye vankomisin 1 x 1 g IV/72 saat olarak 10 güne kadar devam edilmiştir. Hastanın kontrollerinde ateş ve üreme olmamıştır. G.sanguinis, sıklıkla karşılaşılan patojenler içerisinde yer almadığından ve laboratuvar tanısında karşılaşılan güçlükler nedeniyle belki de gözden kaçabilmekte veya yanlış tanımlanabilmektedir. BD Phoenix veritabanında G.sulfidifaciens, Bruker MS veritabanında G.sanguinis ve MicroScan veritabanında Globicatella cinsinin mevcut olmadığı görülmüştür. Son yıllarda gelişen tıbbi uygulamalar ve immün sistemi baskılanmış hasta popülasyonundaki artış nedeniyle nadir bakteri türleri daha da sık görülecektir. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarının, hem klasik mikrobiyolojik yöntemlerle hem de moleküler yöntemlerle tanı gücünün artırılması, ticari identifikasyon sistemi geliştiren şirketlerin patojen spektrumunu genişleterek veritabanlarını yenilemeleri bu tür etkenlerle oluşabilecek ciddi enfeksiyonların önlenmesi açısından önem taşımaktadır.

Abstract:In this case, catheter-related bacteremia due to Globicatella sanguinis in a 43 years old female patient undergoing hemodialysis with the diagnosis of diabetic nephropathy was presented and the methods in the laboratory diagnosis of the rare opportunistic pathogen, Globicatella cins, were nvestigated. A set of peripheral blood cultures and simultaneous catheter culture was obtained from the patient in third of May 2016. Biochemical tests, Phoenix (Becton Dickinson, USA) and MicroScan (Beckman Coulter, USA) automated systems and matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry (MALDI-TOF MS) based Microflex MS (Bruker, Daltonics, Germany) and VITEK MS (database v2.0) (bioMérieux, France) systems were used for the identification of the cultured bacteria. Partial 16S rDNA sequencing was done by using specific p8FPL 5'-AGT TTG ATC ATG GCT CAG-3' and p806R 5'-GGA CTA CCA GGG TAT CTA AT-3' primers. Minimal inhibitory concentrations (MICs) for vancomycin, erythromycin, imipenem, cefotaxime and benzypenicillin were determined by agar gradient method. The blood and catheter cultures yielded the same type of bacterial colonies. Alfa-hemolytic, catalase negative colonies observed on blood agar plates after an over night incubation yielded gram-positive cocci on Gram staining. In Şişli Hamidiye Etfal Hospital, the isolate was identifed as G.sulfidifaciens (score value > 2) by Bruker MS system and as G.sanguinis by Phoenix automated system. In Inönü University, the isolate could not be identified by Microscan automated system while VITEK MS named the isolate as 99.9% G.sanguinis and 98.3% G.sulfidifaciens. The 16S rDNA sequencing identifed the isolate as 100% G.sanguinis (GenBank accessionno. KJ680157.1). The MIC values were 0.38 µg/ml, 1.5 µg/ml, 0.38 µg/ml, > 32 µg/ml and 64 µg/ml for vancomycin, eryrthromycin, imipenem, cefotaxime and benzylpenicillin, respectively. The patient was diagnosed as catheter-related bacteremia and vancomycin (1 x 1 g IV/72 h) was used for up to 10 days. No fever and bacterial growth in cultures were present in her control visits. As G.sanguinis is not among the commonly encountered pathogens and due to difficulties in laboratory diagnosis, it may be missedor mis-identified in clinical laboratories. BD Phoenix and Bruker MS data bases lack G.sulfidifaciens and G.sanguinis, respectively, while the Globicatella genus is not present in MicroScan database. The increased number of medical implementations and the increasing number of immunosuppressed patient populations in recenty ears will lead to the emergence of rare bacteria. Increasing the diagnostic power of clinical microbiology laboratories by conventional and molecular methods and renewal of the databases of commercial identification systems by expanding the pathogen spectrum are significantly important for the prevention and control of infections caused by these agents.