Klinik Örneklerde Mycobacterium tuberculosis'in Saptanması ve Rifampin Direncinin Tespitinde Xpert MTB/RIF Testinin Tanısal Performansının Değerlendirilmesi

Abstract

Öz:Aktif tüberküloz (TB) olgularının hızlı ve doğru olarak saptanması, TB kontrol programının en önemli hedefl erinden biridir. Bu amaçla, etkenin izolasyonu, tiplendirilmesi ve ilaç direncinin belirlenmesi için her geçen gün yeni yöntemler geliştirilmektedir. Son yıllarda üretilmiş olan Xpert MTB/RIF (CepheidGeneXpert® System, ABD) testi; direkt klinik örnekten Mycobacterium tuberculosis kompleksi ve suşun rifampin (RIF) direncini birkaç saat içinde saptayan, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu temelli bir yöntemdir. Ancak testin özellikle akciğer-dışı örnekler ve balgam dışındaki akciğer örneklerindeki performansı hakkında halen yeterli veri bulunmamaktadır. Bu çalışmada, Xpert MTB/RIF testinin akciğer ve akciğer-dışı klinik örneklerde M. tuberculosis'i saptamadaki duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif tahmin değerlerinin araştırılması ve izolatların RIF direncini belirlemesindeki performansı araştırılmıştır. Çalışmaya, Temmuz 2013-Aralık 2014 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen 1141 (%52.8) akciğer ve 1019 (%47.2) akciğer-dışı olmak üzere toplam 2160 klinik örnek dahil edilmiştir. Değerlendirilen örneklerden 67'si (%3.1) mikroskopi (aside dirençli boyama; ARB), 116'sı (%5.4) kültür ve 98'i (%4.5) Xpert MTB/RIF testi ile pozitif bulunmuştur. Kültür sonuçları referans olarak alındığında; Xpert MTB/RIF testinin duyarlılık ve özgüllüğü tüm örneklerde sırasıyla %73.3 ve %99.3; akciğer örneklerinde %77.5 ve %99.5; akciğer-dışı örneklerde ise %63.9 ve %99.2 olarak saptanmıştır. ARB pozitif örneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %100, özgüllüğü %66.7; ARB negatif olanlarda ise sırasıyla %40.4 ve %99.4 olarak belirlenmiştir. Çalışmaya alınan tüm örnekler içinde yalnızca üç örnekte Xpert MTB/RIF testi ile RIF direnci saptanmış ve bu sonuçlar fenotipik olarak da doğrulanmıştır (%100 uyum). Mikobakteriyel kültür sonuçlarına göre Xpert MTB/RIF testinin pozitif ve negatif öngörü değerleri, incelenen tüm örnekler için sırasıyla %86.7 ve %98.5; akciğer örnekleri için %92.5 ve %98.3; akciğer dışı örnekler için ise %74.2 ve %98.7 olarak bulunmuştur. Çalışmamızda elde edilen sonuçlara göre, Xpert MTB/RIF testinin akciğer-dışı örneklerde duyarlılığının orta düzeylerde olduğu saptanmış olup; özellikle basil yükünün az olduğu ARB negatif örneklerde testin duyarlılığının düştüğü görülmüştür. Buna karşın Xpert MTB/RIF testinin tüm örneklerde etkene özgüllüğü son derece yüksek bulunmuştur. Çalışmamızda az sayıda örnekte rifampine dirençli suş saptanmış olmakla birlikte, Xpert MTB/RIF testi tüm dirençli ve duyarlı suşları ayırt edebilmiştir. Ayrıca laboratuvarımızda, M. tuberculosis'in tespiti ve RIF direncinin belirlenmesi kültür ile ortalama 20.96 günü bulurken, Xpert MTB/RIF testi ile bu süre birkaç saate düşmektedir. Testin kullanım kolaylılığı, hızlı olması ve minimum güvenlik önlemleri gerektirmesi nedeniyle, kültür yöntemi ile doğrulanmak şartıyla, Xpert MTB/RIF testinin, akciğer-dışı örneklerde de tüberkülozun hızlı tanısına katkı sağlayabileceği kanısına varılmıştır

Abstract:Rapid and accurate detection of active tuberculosis (TB) cases is one of the most important goal of tuberculosis control programme. For this purpose, new methods are being developed to isolate, serotype and determine the drug resistance of the agent. Xpert MTB/RIF test (CepheidGeneXpert® System, USA) that has been recently developed, is a real-time polymerase chain reaction-based method which detects Mycobacterium tuberculosis complex and resistance of the strain to rifampicin (RIF) from the clinical sample directly within a couple of hours. However, there are not suffi cient data about the performance of that test for extrapulmonary samples and pulmonary samples other than sputum. The aims of this study were to investigate the sensitivity, specifi city, positive and negative predictive values of Xpert MTB/RIF test in detection of M. tuberculosis and the performance in the determination of rifampicin resistance of the isolates from pulmonary and extrapulmonary clinical samples. A total of 2160 clinical samples, in which 1141 (52.8%) were pulmonary and 1019 (47.2%) were extrapulmonary samples, sent to our laboratory between July 2013 to December 2014, were included in the study. Sixty seven of the evaluated samples (3.1%) were positive with microscopy (acid-fast stain; AFS), 116 samples (5.1%) were positive with culture and 98 samples (4.5%) were positive with Xpert MTB/RIF test. When the culture was considered as the reference method, the sensitivity and specifi city of Xpert MTB/RIF test were determined as 73.3% and 99.3%, respectively for all samples; 77.5% and 99.5%, respectively for pulmonary samples and 63.9% and 99.2%, respectively for extrapulmonary samples. Among AFS positive samples, the sensitivity was 100% and specifi city was 66.7%; whereas among AFS negative samples those values were 40.4% and 99.4%, respectively. Among all the samples involved in the study, RIF resistance was determined only in three samples with Xpert MTB/RIF test and that was also proved phenotypically (100% concordance). According to mycobacterial culture results, positive and negative predictive values of Xpert MTB/RIF test were determined as 86.7% and 98.5%, respectively for all samples. Those were determined as 92.5% and 98.3%, respectively for extrapulmonary samples and were determined as 74.2 and 98.7%, respectively for pulmonary samples. According to the results obtained in our study, sensitivity of Xpert MTB/RIF test for extrapulmonary samples was found to be at moderate level; sensitivity of the test was found to be decreased especially in AFS negative samples with less bacilli load. Nonetheless, specifi city of Xpert MTB/RIF test to the agent in all samples was found to be extremely high. In our study, although RIF-resistant strains were detected in few of the samples, Xpert MTB/RIF test could differentiate all resistant and sensitive strains. Additionally, detection of M. tuberculosis and RIF resistance in our laboratory takes approximately 20.96 days with culture, this period decreases to a couple of hours with Xpert MTB/RIF test. Because of the advantages such as being practical, rapid and requiring minimal safety measures, it was concluded that Xpert MTB/RIF test may contribute to rapid diagnosis of TB also in extrapulmonary samples, with the confi rmation of culture method